Aktuell spiele ich gerade ein bisschen mit Paperless. Man kann bei Paperless eine Config-Einstellung setzen, womit Paperless auch Barcodes verarbeitet. Wenn man das hat, gibt es Steuerseiten, die man beim Scannen zwischen Dokumente legen kann. Hier direkt die PDF. Hier der Standard von Kodak.
Damit kann man dann bei Paperless einfach eine einzige PDF reinwerfen, die aus einem Einzugsscanner-Lauf kam.